Als de kleine Emily Laing in het holst van de nacht kennismaakt met een sprekende rat die ook nog eens van adel blijkt te zijn, beseft ze dat haar leven nooit meer hetzelfde zal zijn. Maar ach, veel slechter kan het niet worden. Emily groeit namelijk onder erbarmelijke omstandigheden op in het weeshuis van eerwaarde Dombey, een eersteklas naarling die het weeshuis in een van de armste wijken van Londen met harde hand leidt.
Emily's grote avontuur begint als een weerwolf een kind uit het weeshuis ontvoert. Met de hulp van haar nieuwe vrienden, een alchemist die Wittgenstein heet en zijn medestrijder voor de goede zaak, de elf Mauritius Melkwit, en haar beste vriendin Aurora gaat ze op zoek naar het kind. Op hun speurtocht leren de meisjes onder de stad Londen een geheime stad kennen, een magische wereld met een wonderlijke bevolking.
Daar wordt Emily en Aurora algauw duidelijk dat er meer op het spel staat dan het leven van een ontvoerd weeskind. De heren Vos en Wolf, moordenaars van professie, laten daar geen twijfel over bestaan, en zíj net zomin, mevrouw Sneeuwitroze - alias Lilith, de beeldschone demon die een ontzettende hekel aan kinderen heeft.
Hoe het zij, van Emily's oorspronkelijke plan om op zoek te gaan naar haar verdwenen vader en moeder, komt aanvankelijk niet zo heel veel terecht…